実際に検証していないしもの凄い主観ですが、WEBコンテンツの１つとしてスクリプトを書くならPHPの方が断然いいです。
ほとんどが関数化されているので書くのも楽ですし、負荷もPerlより少ないので。

ただPerlがいまでも使われ続けている理由は個人的にこう思うのです。
１．柔軟な記述ができる
２．正規表現による複雑な処理が可能
３．モジュールが充実している
４．セキュリティホールがほぼなくなった
その他もろもろ

正規表現は結構他の言語とかでもありますが、Perlの正規表現ほど柔軟なものは他にない？と思います。（実際にPerl互換の正規表現を採用しているアプリケーションとか多いですし）

あとサーバー内で使用するようなツールなんかもPHPで書くよりはPerlのほうが処理が早かったりします。（まぁ〜負荷はそれなりですが）

逆に書き方を間違えると暴走してサーバーが危険なことになったりもしますが、そのへんはPHPの方が安全設計ですな〜

まぁ何が言いたいかというと個人的にはPerlが大好き！なのです。（ぇ

あ、告知を忘れてました。
近々CmfthreadBBSとCmfBBSをVerUpします。

それぞれに投稿したメールアドレスのフィルター機能を追加します。
これはメールアドレス収集ロボット対策です。

それとCmfBBSにも現VerのCmfthreadBBSに実装したUrlBL機能と引用文貼り付け機能を追加します。